სახელმწიფო აუდიტის სამსახურმა სსიპ − საქართველოს ეროვნული მუზეუმის 2018 - 2020 წლების საქმიანობის შესაბამისობის აუდიტი ჩაატარა, რომლითაც სხვა შეუსაბამობებთან ერთად შიდა კონტროლის სისუსტეები გამოავლინა.
დოკუმენტში აღნიშნულია, რომ ეროვნული მუზეუმის დებულებით გათვალისწინებული მუზეუმების ნუსხა სისრულის თვალსაზრისით მუზეუმების სახელმწიფო რეესტრს არ შეესაბამება.
აუდიტის ანგარიშის მიხედვით, მუზეუმების სახელმწიფო რეესტრში დაფიქსირებულია 11 მუზეუმი, 4 − სახლ-მუზეუმი, 3 − მუზეუმ-ნაკრძალი, თბილისის არქეოლოგიური საცავი და ეროვნული გალერეა (სულ: 20 ერთეული), ეროვნული მუზეუმის დებულების მიხედვით კი ფიქსირდება 16 ერთეული. ამასთან, დებულებით ეროვნული მუზეუმის შემადგენლობაშია გურჯაანის მხარეთმცოდნეობის მუზეუმი, რომელიც არ არის მუზეუმების სახელმწიფო რეესტრში, ხოლო რეესტრში აღრიცხული საბჭოთა ოკუპაციის მუზეუმი, ძალისას მუზეუმ-ნაკრძალი, ელენე ახვლედიანისა და მოსე თოიძის სახლ-მუზეუმები ეროვნული მუზეუმის დებულებაში არაა შეტანილი.
ხარვეზები იკვეთება ქონების მართვის ნაწილში, კონკრეტულად კი ეროვნული მუზეუმის ბალანსზე არსებული ქონებიდან 514 067 ლარის ღირებულების 19 ერთეული შენობა-ნაგებობა სსიპ − საჯარო რეესტრის ეროვნულ სააგენტოში რეგისტრირებული არ არის, ხოლო 20 228 571 ლარის ღირებულების 13 ერთეული ქონება ხელახალ რეგისტრაციას საჭიროებს.